Parque Nacional Jaragua
Extensión: 1,400 Km2.
Esta área protegida está ubicada en el suroeste del país y es la más grande del sistema de Parques Nacionales y Reservas Científicas, incluyendo una extensa área marina y las islas Beata y Alto Velo. 
La geología de la región ha sido interpretada como emersión de masas de tierra, surgida en el Oligoceno, hace aproximadamente 50 millones de años. 

Las áreas adyacentes a la Laguna de Oviedo y las Islas Beata y Alto Velo emergieron en la época reciente, hace aproximadamente un millón de años. 

El substrato está constituido por roca caliza de origen marino arrecifa con frecuentes facturas, rellenadas por suelos de óxido férrico de colores rojizos. 

No existen corrientes superficiales de agua en toda el área, pero hay un flujo de aguas subterráneas hacia la costa oriental y occidental. La dirección de este flujo está condicionada por la topografía. 
La temperatura promedio anual es de 27 grados centígrados y la precipitación promedio varía de 500 a 700 milímetros anuales. 
Flora 
La vegetación está caracterizada por especies del bosque seco y bosque espinoso subtropical. Se destaca una población alta de cactaceas y vegetación de regeneración lenta, adaptada a altas temperaturas y reducidas precipitaciones. En el bosque interior se encuentra el Copey (Clusia rosea), Almácigo (Bursera simaruba), Caoba (Swietenia mahogani), Roble (Catalpa longissima), Guayacán (Guaiacum officinale), Guasábara (Opuntia caribea), Cayuco (pilocereus polygonus), Sabila (Aloe vera), Guanito (Haitiella ekmanii), Bruscón (Cassia emarginata), Anisillo (Celtis trinervia), Alelí (Plumeria obtusa); cerca de la playa la Uva de Playa (Coccoloba uvifera) y los arbustos Borrichia arborescens y Suriana maritima; en el bosque de manglar el Mangle Rojo (Rhizophora mangle), Mange Prieto (Conocarpus erectus) y Mangle Blanco (Laguncularia racemosa). 

Fauna 
El Parque Nacional Jaragua presenta una gran diversidad de la fauna, se destaca un elevado porcentaje de especies endémicas. 130 ó 60 % de las aves reportadas en el país pueden observarse. La mitad de las especies están asociadas al ambiente acuático. Entre éstas se encuentran las mayores poblaciones de Flamenco (Phoenicopterus ruber) en el país, principalmente en la Laguna de Oviedo. 
Las aves más comuines son la Garza Real (Engretta alba), Garca Azul (Florida caerulea), Gaviota (Sterna fuscata), Tijereta (Fregata magnificens), Crá Crá (Butorides striatus), Cuchareta (Ajaia ajaja), Paloma Coronita (Columba leucocephala), Cuatro Ojos (Phaenicophilus palmarum), Cigüita Colaverde (Microligea palustris). Entre la fauna terrestre que es sin duda de gran interés para el investigador y visitante, se destacan la Iguana de Ricord (Cyclura ricordi) y la Iguana Rinoceronte (Cyclura cornuta), ambos reptiles endémicos de la isla. De los mamíferos el Solenodonte (Solenodon paradoxus) y la Jutia (Plagiodontia aedium) están representadas en el parque. Además se señalan 11 de las 18 especies de muciélagos reportadas en el país. También se encuentran en las aguas cuatro especies de tortugas marinas: el Carey (Eretmochelys imbricata), Tinglar (Dermochelys coriacea), Caguamo (Caretta caretta) y Tortuga Cerde (Chelonia mydas). 
Yacimientos Arqueológicos 
El Parque Nacional Jaragua es rico en yacimientos arqueológicos de la epoca pre-hispánica. El más antigua de estos sitios conocidos data del 2,590 A.C. y corresponde a asentamientos indígenas avanzados. La máxima expresión de esta cultura indígena se encuentra en los Taínos, habitantes de característica agroforestal, dominantes a la llegada de Cristóbal Colón. Los taínos establecieron cierta división territorial, dividida en cacicazgos, como el cacicazgo de Xaragua en la región suroeste, origen de la denominación de Jaragua dada al área protegida. Dentro del parque existe un número de cavernas como El Guanal, la Cueva La Poza y la Cueva Mongó, que contienen en su interior pictografías, petroglifos y artefactos de esta época.
Parque Nacional Isla Cabritos
Extensión: 24 Km2.
La Isla Cabritos está situada en el suroeste del país, dentro del Lago Enriquillo y tiene una extensión de 12 kilómetros de longitud y 2.5 kilómetros en su parte más ancha.

El Lago Enriquillo es lo que queda de un antiguo canal de unía la Bahía de Neiba, en la República Dominicana, con la Bahía de Puerto Príncipe en Haití. Una emersión del terreno y la acumulación de sedimentos depositados en su desembocadura por el río Yaque del Sur aislaron el lago, que ahora existe como un pequeño mar interior de unos 200 km2. La edad de formación corresponde a la época reciente (aproximadamente un millón de años).

La altitud del Parque Nacional Isla Cabritos varía desde los 40 metros bajo del nivel del mar hasta los cuatro metros bajo del nivel del mar. Casi todas sus costas terminan en playas, donde no se encuentran vestigios de arrecifes. El suelo está formado por depósitos lacustres marinos, principalmente arcillas calcáreas impermeables.
También se observan en él abundantes conchas marinas, tanto en las playas como en tierra firme y grandes cúmulos de restos de corales pétreos a diferentes elevaciones. No existen corrientes superficiales de agua dulce.

La temperatura promedio anual es de unos 28 ºC, aunque en ocasiones se registran temperaturas de 50 ºC. La precipitación media anual es de 642 milímetros. Entre la flora de la isla se destacan algunas especies endémicas como el Caguey (Neoabottia paniculata) y la Pitahaya (Harrisia spp.), ambas pertenecientes a la familia de las cactáceas. Otras de las 106 especies conocidas de plantas son el Cayuco (Cereus hexagonus), Alpargata (Opuntia moniliformis), Guasábara (Opuntia caribaea), Guayacán (Guaiacum officinale), Saona (Ziziphus rignoni), Roble (Catalpa longissima) y Bayahonda (Prosopis juliflora). 

La fauna del parque está representada mayormente por aves y los reptiles. De estos últimos existen ocho especies endémicas y el Cocodrilo Americano (Crocodylus acutus), cuya población en la área es una de las mayores del mundo en estado silvestre. También se destaca la presencia de la Iguana Rinoceronte (Cyclura cornuta) y la Iguana de Ricord (Cyclura ricordi). Tanto el cocodrilo como las iguanas están en peligro de extinción.
La avifauna es variada hacia la orilla del lago. Se han identificado 62 especies de aves, de las cuales conco son acuáticas y 16 de orilla. Especies características son el Flamenco (Phoenicopterus ruber), Garza Ceniza (Ardea heridias), Garza Pechiblanco (Hydranassa tricolor), Rey COngo (Nycticorax nycticorax), Martinetito (Ixobrychus exilis), Coco Oscuro (Plegadis falcinellus), Gallareta Azul (Porphyrula martinica), Cucú (Athene cunicularia), Cuchareta (Ajaia ajaja), Cotorra (Amazona ventralis), Paloma Coronita (Columba leucocephala), Querebebé (Chordeiles gundlachii) y Madam Sagá (Ploceus cucullatus), la cual está introducida del África.
La Isla Cabritos, llamada Guarizacca por los indígenas, fue la isla, donde el cacique Enriquillo tenía su refugio y centro de aprovisionamiento, constituido fundamentalmente de pescado seco. Entre los años 1822 y 1844, durante la ocupación haitiana, la isla y algunas tierras vecinas fueron legalmente concedidas por el gobierno haitiano a una familia francesa. En 1974 se declaró la Isla Cabritos como Parque Nacional.
Parque Nacional Sierra de Bahoruco
Extensión: 800 Km2.
Está ubicado en el suroeste del país y tiene una altitud máxima de unos 2,367 metros en el Aguacate cerca de la frontera. La sierra pertenece al Eoceno Medio, aproximadamente 50 millones de años. Esta formación geológica está constituida principalmente por rocas calizas muy cristalizadas. Algunas de ellas contienen importantes especies de algas. En su mayor parte la sierra tiene un relieve abrupto.
La vegetación se presenta muy variada desde vastas superficies de pinares y grandes bosques de árboles de hojas anchas, latifoliados, hasta algunas zonas de bosques mixtos. Esta área constituye un ejemplo de estabilidad climática en el suroeste árido del país. Esto se refleja en la variedad de las zonas de vida, que varían desde el bosque seco a nivel del mar hasta el bosque húmedo montano y pluviosilva de montaña dentro del parque.
En las partes más altas y húmedas la temperatura oscila entre 15 y 20 ºC y la precipitación anual varía entre 1,000 y 2,500 milímetros.
Dentro del Parque Nacional Sierra de Bahoruco están representadas 166 ó 52% de las orquídeas existentes en el país, de los cuales han señalado 32 ó 10% especies endémicas de la sierra. Las especies arbóreas más características son el Pino Criollo (Pinus occidentalis), Almendro (Prunus occidentalis), Sabina (Juniperus gracilior), Sabina endémica (Juniperus ekmanii), Palo de Viento (Didymopanax tremulus), Caoba (Swietenia mahogani), Palo de Cotorra (Brunelluia comocladifolia), Yagrumo (Cecropia peltata) y Aceituno (Prunus myrtifolia).
Entre la fauna se destacan 49 especies de aves, 28 de ellas son residentes, 2 migratorias, y 19 endémicas como el Cuervo (Corvus leucognaphalus), el cual existía en Puerto Rico, pero hoy sólo sobrevive en la Hispaniola.

Algunas de las especies características de las aves en las montañas son el Canario (Carduelis dominicensis), Zorzal de la Selle (Turdus swalesi), Chirri de los Bahorucos (Calyptophilus frugivorus), Chi-cuí (Todus angustirostris), Ciguita Aliblanca (Xenoligea montana), Cotorrita de Sierra (Temnotrogon roseigaster), Maroíta Canosa (Elaenia fallax); en el bosque seco y húmedo la Paloma Coronita (Columba leucocephala), Palomita Turca (Columba squamosa), Tórtola Aliblanca (Zenaida asiatica), Perico (Aratinga chloroptera), Pájaro Bobo (Saurothera longirostris), Cotorra (Amazona ventralis), Cao (Corvus palmarum), Cernicalo (Falco sparverius), Codorniz (Colinus virginuanus), Zumbadorcito (Mellisuga minima), Barrancoli (Todus subulatus), Manuelito (Myiarchus stolidus), Maroita (Contopus caribaeus) y Jilguero (Myadestes genibarbis). 

Bahoruco, a pesar del ser una sierra y un Parque Nacional, está muy grabada en el recuerdo de los dominicanos. Este fue el escenario que escogió el cacique Enriquillo, para pelear por la libertad de su raza en el año 1532 contra las tropas españolas. Este cacique, cuyo nombre indígena era Guarocuya, formó una pequeña república en la cumbre de la Sierra de Bahoruco y es considerado el primer independentista de América.
Reserva Científica Lagunas Redonda y Limón
Extensión: 101 Km2.
Las Lagunas Redonda y Limón se encuentran en el noreste del país, a unos 17 y 27 kilómetros del pueblo de Miches respectivamente.
La profundidad máxima de las lagunas es de 2.10 metros, con una media de 1.43 metros. El sedimento del fondo es de textura lodosa como consecuencia de la descomposición de la materia orgánica, aportada por el manglar próximo a las orillas.
La Laguna Redonda es la única que tiene comunicación con el mar a través del Caño Celedonio.
Entre la fauna se encuentran cangrejos y los peces róbalo y tilapia. La avifauna está representado por el Zaramagullón (Podilymbus podiceps), Gallareta Pico Rojo (Gallinula chloropus), Garza Real (Egretta alba), Rey Congo (Nycticorax nycticorax), Cuchareta (Ajaia ajaja) y Pato Pescuecilargo (Anas acuta).
Reserva cientifíca Laguna Rincón o de Cabral
Extensión: 47 Km2.
La Laguna Rincón o de Cabral, localizada en el suroeste del país en el Valle de Neiba, constituye por su tamaño el segundo cuerpo de aguas interiores y es además el más grande de agua dulce del país.
La flora acuática esta representada por el Loto (Nelumbo lutea), Lila de Agua (Nymphaea spp.), Yerba de Hicotea (Nymphaea ampla) y Yerba de Cotorra (Ceratophyllum demersum).
Entre la fauna de la laguna se destacan el Camaroncito de Río (Palaemon pandaliformis) y varias especies de peces endémicos de los géneros Limia y Gambusia. También se encuentra la mayor población de la Hicotea (Trachemys decorata), tortuga de agua dulce, la cual es endémica de la Hispaniola.

De la avifauna característica podemos citar al Pato Criollo (Oxyura dominica), Pato espinoso (Oxyura jamaicensis), Flamenco (Phoenicopterus ruber), Garza Pechiblanco (Hydranassa tricolor), Coco Oscuro (Plegadis falcinellus), Pato de la Florida (Anas discors), Gallinuela (Porzana caroina) y Gallito Prieto (Jacana spinosa).